机兽起源的故事讲述了一个名为「艾兰」的未来世界。在艾兰，人类与高度智能的机兽和谐共处，共同创造了一个繁荣昌盛的文明。然而，随着时间的推移，一股邪恶势力「暗影军」崛起，企图控制机兽，颠覆艾兰的秩序。面对暗影军的威胁，人类和机兽必须携手合作，展开一场史诗般的保卫战，对抗邪恶势力的入侵。

故事的主角是一位名叫「莱恩」的年轻机兽师，他拥有与机兽「迅雷」沟通的能力。在一次执行任务时，莱恩和迅雷遭到暗影军的伏击，险些丧命。在逃离险境后，莱恩得知暗影军不仅拥有先进的武器，还操纵着一种神秘的能量，可以控制机兽。为了阻止暗影军，莱恩踏上了寻找对抗这种能量的旅程，途中结识了各式各样的同伴，包括机兽师「娜娜」和她的机兽「幻羽」，以及神秘的少女「莉娜」。随着旅途的深入，莱恩逐渐发现了自己的身世之谜，并意识到自己与机兽起源有着千丝万缕的联系。最终，莱恩和他的伙伴们联手对抗暗影军，揭开了机兽起源的真相，并以他们的勇气和智慧，拯救了艾兰世界。